文書のプリフライトにかかる時間を短縮したい場合は、プリフライトプロファイルエディタの設定 > 制限セクションにある選択の再使用チェックボックスを有効にします。

選択した領域がプリフライトプロファイルによる変更の影響を受けない場合にのみ、このオプションを有効化してください。
選択の再使用を有効化してもよい例として以下の場合があります。制限されたアクションリストによって輪郭内のすべてのオブジェクトが選択される場合、プリフライト処理でページのレイアウトが変更されない限り、選択は同じ状態となります。選択の再使用によって処理時間が削減されます。
選択の再使用を有効化しない方がよい例として以下の場合があります。制限されたアクションリストによって CMYK オブジェクトが選択され、プロファイルが CMYK を RGB に変換する場合、変換後に制限アクションリストの結果が PDF の変更状態と一致しない可能性があるため、選択を再使用しない方がよいと思われます。