En el flujo de trabajo Certified PDF, se registran por sesión todas las modificaciones realizadas en un documento PDF, y se guardan en un archivo log de ediciones. Asimismo, los documentos PDF editados se pueden guardar de forma incremental. Esto significa que los cambios realizados en la versión 3, por ejemplo, se pueden guardar "encima" de los cambios realizados en la versión 2, pero se conserva un único archivo PDF.
El principio del almacenamiento de forma incremental no aumenta necesariamente el tamaño de archivo del documento PDF de forma excesiva debido a que Adobe Acrobatsólo guarda los cambios realizados durante las distintas sesiones. La diferencia del tamaño de archivo se puede advertir si se elimina un gran número de objetos, ya que estos objetos se mantienen en una o varias versiones. Sin embargo, puede "optimizar" el documento Certified PDF en cualquier etapa del flujo de trabajo, es decir, reducir el tamaño de archivo simplemente, usando la función Guardar Como de Adobe Acrobaty pulsando el botón Guardar Certified Completo. Aún dispondrá de un documento Certified PDF con información de historial acerca de sesiones de edición anteriores, aunque ya no podrá guardar instantáneas de estas sesiones, ni utilizar el mecanismo de recuperación para volver al estado anterior del documento Certified PDF.